للمجلس أمانة عامة تتولى شؤون المجلس الإدارية والفنية والأعمال المساعدة ،يصدر بتنظيمها قرار من رئيس المجلس بعد موافقة مكتب المجلس، و يتضمن القرار الأحكام التفصيلية الخاصة بالشئون الادارية و المالية. و يتولى رئيس المجلس الإشراف على الأمانة العامة و على جميع شئون وأعمال المجلس الإدارية و الفنية.
ويرأس الأمانة العامة أمين عام يعين بمرسوم بدرجة وكيل وزارة. و تكون له الاختصاصات و الصلاحيات المالية و الإدارية المقررة في القوانين و الانظمة لوكلاء الوزرارات.
و يختص بالإشراف على تحرير مضابط جلسات المجلس وقيد أسماء الأعضاء الذين يطلبون الكلمة بحسب ترتيب طلباتهم، وبإثبات التنبيهات بالمحافظة على النظام وتسجيل نتائج الاقتراع، وغير ذلك من الأمور التي يطلبها منه الرئيس في شأن إدارة الجلسة. كما تقوم الأمانة العامة بالإعداد والتحضير لاجتماعات مكتب المجلس، وتنفيذ تعليمات الأمين العام بما يخص إعداد جدول أعمال جلسات مكتب المجلس وإعداد الجلسات وتحضير الأوراق والمستندات وما يحتاجه أعضاء المكتب لعقد جلساتهم ، ومتابعة ما يصدر من مكتب المجلس من قرارات واتخاذ الإجراءات اللازمة لتمكينه من تنفيذها .
وتقوم الأمانة العامة بتلقي مشروعات القوانين والاقتراحات بقوانين و إجراء المراجعات اللازمة بشأنها بالتنسيق مع الجهات المختصة بالمجلس وعرضها على الرئيس وذلك لإدراجها ضمن جدول الأعمال .
كما تقوم الأمانة العامة بإعداد كتب الدعوات للوزراء أو االمسئوولين من الجهات الحكومية الذين يرغب المجلس في معرفة آرائهم وملاحظاتهم حول طبيعة عمل مؤسساتهم أو أي موضوع يدخل ضمن اختصاصاتهم.
وتتلقى الأمانة العامة تقارير اللجان المختصة بالمجلس بشأن الموضوعات المحالة إليها وعرضها على الرئيس وذلك لإدراجها ضمن جدول الأعمال.